專案詳細資料
Description
多細胞生物發育包含許多生物途徑，例如細胞增長，模式發育與分化。歷程中所有參與的基因表現必需精密的控制，如何整合這些複雜又動態的基因網絡，仰賴反式作用因子（轉錄因子）與順式作用因子（增強子）。增強子通常包含複合反應元件，可與不同組合的轉錄因子交互作用，以因應不同的發育階段，並促進正確的基因表現。雖然生物資訊的運算邏輯已能根據各種功能性基因體數據，預測增強子的位置，但要探討增強子的動態活性與如何因動應不同細胞型態及發育階段，仍然是很大的挑戰。轉錄因子Zelda在果蠅早期的胚胎發育中扮演啟動基因體表現的角色。利用簡單的策略與一組特定的基因序列交互作用，Zelda可以整體性與選擇性的激活所有早期胚胎發育所需要的基因，但Zelda的作用機制卻很複雜。Zelda的生化特性與結構仍尚未解開，因此在本實驗中，我們將利用Cryo-EM分析來研究Zelda的結構並了解相對應的功能。此外，先前Zelda ChIP-seq 的結果顯示Zelda會與上萬的序列片段結合，但並非每一個片段都是有活性的增強子。因此本研究將利用S2 細胞為基礎的STARR-seq系統，來鑑定並定量全基因體中的增強子活性。整合這些數據以及先前已建立的資料組作分析，我們將可以定義胚胎發育早期基因活化增強子的特徵。具體目標包含:1以cryo-EM分析Zelda蛋白質結構與利用遺傳學方法學習其功能2用 STARR-Seq的實驗方法來測定與量化果蠅早期胚胎發育基因體中增強子活性3利用生物大數據整合分析以建構Zelda調控的果蠅胚胎早期發育之順式調控組
| 狀態 | 已完成 |
|---|---|
| 有效的開始/結束日期 | 1/08/21 → 31/07/22 |
Keywords
- 胚胎發育
- 表觀遺傳
- 合子基因體啟動
- 基因調控
- 母代合子過渡
- 核小體佔據
- 基因網
- 調控組
指紋
探索此專案觸及的研究主題。這些標籤是根據基礎獎勵/補助款而產生。共同形成了獨特的指紋。