利用STARR-SEQ與體學統合分析高通量鑒定果蠅早期胚胎發育強化子之功能與活性(2/2)

專案詳細資料

Description

多細胞生物發育包含許多生物途徑,例如細胞增長,模式發育與分化。歷程中所有參與的基因表現必需精密的控制,如何整合這些複雜又動態的基因網絡,仰賴反式作用因子(轉錄因子)與順式作用因子(增強子)。增強子通常包含複合反應元件,可與不同組合的轉錄因子交互作用,以因應不同的發育階段,並促進正確的基因表現。雖然生物資訊的運算邏輯已能根據各種功能性基因體數據,預測增強子的位置,但要探討增強子的動態活性與如何因動應不同細胞型態及發育階段,仍然是很大的挑戰。轉錄因子Zelda在果蠅早期的胚胎發育中扮演啟動基因體表現的角色。利用簡單的策略與一組特定的基因序列交互作用,Zelda可以整體性與選擇性的激活所有早期胚胎發育所需要的基因,但Zelda的作用機制卻很複雜。Zelda的生化特性與結構仍尚未解開,因此在本實驗中,我們將利用Cryo-EM分析來研究Zelda的結構並了解相對應的功能。此外,先前Zelda ChIP-seq 的結果顯示Zelda會與上萬的序列片段結合,但並非每一個片段都是有活性的增強子。因此本研究將利用S2 細胞為基礎的STARR-seq系統,來鑑定並定量全基因體中的增強子活性。整合這些數據以及先前已建立的資料組作分析,我們將可以定義胚胎發育早期基因活化增強子的特徵。具體目標包含:1以cryo-EM分析Zelda蛋白質結構與利用遺傳學方法學習其功能2用 STARR-Seq的實驗方法來測定與量化果蠅早期胚胎發育基因體中增強子活性3利用生物大數據整合分析以建構Zelda調控的果蠅胚胎早期發育之順式調控組
狀態進行中
有效的開始/結束日期1/08/2131/07/22

聯合國永續發展目標

聯合國會員國於 2015 年同意 17 項全球永續發展目標 (SDG),以終結貧困、保護地球並確保全體的興盛繁榮。此專案有助於以下永續發展目標:

  • SDG 5 - 性別平等
  • SDG 11 - 永續發展的城市與社群
  • SDG 17 - 為永續目標構建夥伴關係

Keywords

  • 胚胎發育
  • 表觀遺傳
  • 合子基因體啟動
  • 基因調控
  • 母代合子過渡
  • 核小體佔據
  • 基因網
  • 調控組

指紋

探索此專案觸及的研究主題。這些標籤是根據基礎獎勵/補助款而產生。共同形成了獨特的指紋。