強化開源蛋白質定序軟體於商用軟體中之應用(2/2)

專案詳細資料

Description

蛋白質定序是系統生物學不可或缺的一環。質譜儀憑藉著其精準的蛋白質測量已成為蛋白質分析主要平台。自細胞或器官萃取而得的蛋白質,經過酵素水解成為酚肽,透過毛細管電泳或液相層析串聯質譜儀分離和偵測這些酚肽的質量和其在生物樣本中的濃度。蛋白質資料庫搜尋是蛋白質定序常見的方法,將質譜儀輸出的數據tandem質譜圖(MS/MS spectra)與蛋白質資料庫中的理論胜肽質量進行指紋比對,以此鑑定蛋白質序列。Proteome Discoverer (PD) 是一套由美國公司Thermo Fisher Scientific開發的蛋白質分析商用軟體,其廣泛地被眾多國內外生物實驗室使用。由於蛋白質分析所需技術和步驟繁多且雜,Thermo Fisher Scientific公司決定開放Proteome Discoverer,提供其應用程式介面 (Application Programming Interface, API),讓生物資訊人員得以將自行開發的蛋白質資料分析軟體鑲嵌入 PD中,以負荷廣大使用者需求。 在此計畫中我們預計將兩套開源軟體,MSFragger和PeptideProphet (Philosopher) 鑲嵌至PD裡,成為兩個資料分析的節點(nodes),目標包含:(1)提供超快速的蛋白質定序、(2)允許兩個不同的資料庫搜尋方法,包含常用的closed search 和新穎的open search、(3)完善open search的定序結果。Closed search 和open search最大差別在於搜尋時使用的酚肽質量容許誤差值 (peptide mass tolerance)不同。前者使用非常小的容許誤差值(如:20 ppm),目的在於精準地辨識蛋白質序列;而後者使用非常大的容許誤差值(如:500 Da.),目的在於找尋潛在的後轉譯修飾。我們目前已建置一套雛形系統並開放下載,經過測試,此系統的蛋白質定序速度比PD提供的定序軟體快了20倍以上,且能找出更多的蛋白質序列,截至今日已有超過700次下載,亦獲得許多使用者的肯定與鼓勵。我們相信此計畫定能為學術界和產業界帶來極佳的價值。
狀態已完成
有效的開始/結束日期1/01/2231/07/22

聯合國永續發展目標

聯合國會員國於 2015 年同意 17 項全球永續發展目標 (SDG),以終結貧困、保護地球並確保全體的興盛繁榮。此專案有助於以下永續發展目標:

  • SDG 3 - 良好的健康和福祉
  • SDG 8 - 體面的工作和經濟增長
  • SDG 11 - 永續發展的城市與社群
  • SDG 17 - 為永續目標構建夥伴關係

Keywords

  • 蛋白質體學
  • 液相層析串聯式質譜儀
  • 蛋白質定序
  • 生物資訊

指紋

探索此專案觸及的研究主題。這些標籤是根據基礎獎勵/補助款而產生。共同形成了獨特的指紋。